“孜珠”是藏音直譯，意為六山峰頂，宗教上象征著六度波羅蜜。據(jù)稱孜珠寺是由藏王穆赤贊布創(chuàng)建，到活佛羅丹念布時代，孜珠寺進行過一次擴建，并刻印經(jīng)書、塑造佛像，孜珠寺初具規(guī)模。

進入喇嘛嘎旺朗加時代，該寺的顯密學(xué)經(jīng)體系進一步規(guī)范化、制度化，使得孜珠寺的學(xué)經(jīng)體系上了一個臺階。

在歷代孜珠寺活佛和大師們的艱辛創(chuàng)業(yè)下，孜珠寺從建筑規(guī)模、僧人數(shù)量、學(xué)經(jīng)體系和跳神風(fēng)格等方面，都對昌都地區(qū)后來的宗教發(fā)展產(chǎn)生了重要影響。特別是當佛教在藏區(qū)大部分地區(qū)占了統(tǒng)治地位之后，苯教在以孜珠寺為中心的地區(qū)生存了下來，這使得孜珠寺在苯教寺廟中享有極高的聲譽。

直到現(xiàn)在這個地區(qū)的大部分居民仍信奉苯教，孜珠寺也成為苯教文化的特殊圣地。